Guerra Santa contra Hades en el Siglo XX

Tras la batalla contra Poseidón, reaparecería el peor enemigo de Athena, Hades, cuyo ejercito conformado por 108 espectros había sido liberado del sello de Athena después de 243 años. Por lo que Seiya y sus amigos, junto a los Gold Saints, deberán penetrar a través del Santuario, el Infierno y finalmente por los Campos Elyseos.

Curiosidades

• Fue en esta serie donde se mencionaron por pirmera ves los nombres del Antiguo maestro y el Kyōkō (Dohko y Shion respectivamente).
• La denominación "Saga" para referirse a los episodios OVAS de Hades podría ser un concepto erróneo, ya que más bien sería una continuación de la serie original. Irónicamente los 3 capítulos (Santuario, Infierno y Campos Elíseos) son las "sagas" en las que se divide la serie.
• Saint Seiya Next Dimension es la continuación oficial de esta saga, en donde la historia parte tras terminar la batalla contra Hades en los Campos Elíseos, donde Seiya termina con una maldición de la espada de Hades en su corazón.
• Esta saga es la mas famosa (tal vez por ser la última o por el protagonismo de los Gold Saints) al punto que diversos spin-off y la continuación oficial de la serie manga narran aún la batalla contra "El rey del inframundo".
• La serie anime presenta algunas diferencias notables con respecto a la serie manga original (especialmente en cuanto al protagonismo de Rhadamanthys del Wyvern).
• Después del derrumbe de la Casa de Virgo, Seiya tiene una visión del futuro donde esta herido por la espada de Hades y Saori esta a su lado, la cual es inexistente en el manga.
• En el manga, los protagonistas de la saga de Hades durante el capítulo del Santuario son casi exclusivamente los Gold Saints, ya que solo Shiryū se encontraba en el Santuario, pues Seiya había sido llevado por Mū a Star Hill, y junto con Shun y Hyōga arriban después del suicidio de Athena. 
• Solo Rhadamanthys y Zelos de Rana estaban presentes en el castillo de Hades, mientras que en la serie manga original se encontraban más Specters, como Valentine de la Harpíay otros más.
• En la serie manga, Rhadamanthys arroja a unos debilitados Aphrodite de Piscis yDeathmask de Cáncer directamente por donde arrojaría después a Mū de Aries, Milo de Escorpio y Aiolia de Leo. Sin que estos pudieran contraatacar debido a la barrera de Hades
• En la serie manga, Rhadamanthys jamás envía a Deathmask y Aphrodite a la Colina de Yomotsu. De hecho, esta escena es criticada por los fans, pues consideran ilógico y hasta absurdo que Deathmask huyera del enemigo en un territorio que el mismo domina.
• Rhadamanthys no pelea contra los Bronze Saints y no cae junto con Seiya al Inframundo (esto le correspondería a Valentine).
• A diferencia de la serie manga, se muestra la batalla de Rhadamanthys contra Mū, Milo y Aioria.
• Aioria no es rescatado por Shun de caer al Cocytos, ni tampoco los demás Bronze Saints se reúnen con ellos, pues cuando Seiya y los otros llegan, los Gold Saints ya habían sido arrojados.
• Shun muestra tener una foto de Ikki de niño mientras el era niño, algo un tanto ilógico ya que en ese tiempo eran huérfanos. También muestra tener una visión donde se ve a Pandora.
• Cuando Aioria y Seiya llegan a la entrada del Jardín de las Salas Gemelas, Mū esta parado impidiendo el paso, algo imposible, pues el había quedado rezagado y no se podía tele-transportar de una Casa de Zodiacal a otra por la barrera de Athena. Mientras que en la serie manga, se aprecia como Mū llega por detrás de Aioria y le impide entrar.
• Cuando los espectros entran a la Casa de Virgo, se enfrentan a poderosas ilusiones creadas por Shaka, mientras en la serie manga se encuentran con el directamente.
• La forma en que se presentan a Saga de Géminis, Camus de Acuario y Shura de Capricornio es muy diferente a la serie manga, pues aparecen en diferentes lados y de manera muy teatral. En la serie manga, solamente aparecen los tres juntos.
• Los cascos de las Sapuris de Saga y Shion de Aries no son vistos de igual manera ante elMuro de los Lamentos. Saga aparece sin casco.
• En la serie manga Dohko de Libra no logra despedirse de Shion, pues desaparece poco antes de que él llegue.
• El aumento de protagonismo de los Bronze Saints se hizo con el fin de que su participación no quedara pausada hasta la del Capitulo infierno, tras tantos años de no haber aparecido en pantalla.
• Aunque los Silver Saints también son revividos en la serie manga original (pues se ven sus tumbas abiertas), no se muestra cual fue su misión ni desarrollo.
• En la serie manga aparecen unos espectros encapuchados y con señas de putrefacción (probablemente fueran los Silver Saints cuando estaban recién revividos, pero no es un dato confirmado).
• Durante la Colisión dorada, los Cloths de los Bronze Saints se vuelven dorados, de igual manera con el Cloth de Pegaso cuando Seiya se enfrenta a Rhadamanthys, cosa que en la serie manga nunca ocurrió.
• En la serie manga solo Shiryū es el que saca de equilibrio la Colisión dorada, pues era el único Bronze Saint en el Santuario en ese momento.
• La escena de la batalla de Shun contra Lune del Balrog fue suavizada en los episodios OVA, pues en la serie manga Lune después de descuartizar a Shun este sostiene su cabeza y esta es quien le habla y la lleva con el todo el tiempo. En la versión animada, el cuerpo desaparece quedando solo la armadura y el espíritu de Hades es quién le habla, además de encontrar la cabeza de Shun fuera de la prisión.
• En la serie manga Seiya suelta un gas en la primera prisión. En la adaptación anime, simplemente estornuda.
• Cuando Minos esta torturando a Kanon en el manga, este usa el dedo medio (considerado una señal obscena) para romperle el mismo dedo a Kanon con sus hilos. En las ovas, usa el dedo indice.
• Cuando Ikki le arroja su propia lanza a Pandora, en la serie anime esta cae debajo de su brazo, mientras que en el manga queda en medio de sus piernas.
• En la serie manga los God Cloths se vuelven dorados. En la serie anime adquieren diferentes tonalidades parecidas a las que tenían cuando eran Bronze Cloths.
• En la serie anime Minos del Grifo logra desviar los ataques con su técnica Cosmic Marionnetion, cosa que no ocurre en la serie manga original.
• En la serie manga Kanon de Géminis llega a encontrarse con Eurídice.
• En la serie manga, cuando reviven los Gold Saints fallecidos, estos no intercambian palabra alguna con los Bronze Saints o Gold Saints sobrevivientes.
• También existen algunas diferencias en cuanto a la serie original, esto en mayor parte por las incongruencias y los rellenos de la misma. Para evitar mayores incoherencias con la saga se decidió basarse mas en los hechos ocurridos en la serie manga que en los de la serie animada. Algunos de estros son:
• Camus de Acuario es el único y verdadero maestro directo de Hyōga de Cisne.
• Por lo que se aprecia en la secuencia de apertura, Saga de Géminis jamás hundió la Isla de la Reina Muerte.
• Shion de Aries fue el Kyōkō al cual mató Saga y no Arles.
• Un cambio que fue respetado como en la serie clásica y no la serie manga, fue el hecho de queKanon de Géminis no salvó a Athena del tridente de Poseidón. la escena es retratada igual como en la serie anime, donde Kanon permanece en su pilar durante la culminación de la guerra. 
• El hecho de que Shura de Capricornio matara a Aiolos de Sagitario también fue conservado, pues mientras Aioria llevaba a Shura ante Athena, este último intento de hablar sobre Aioros pero fue interrumpido por Aioria.